La polémica acerca de si Murasaki Shikibu escribió toda “La novela de Genji” se ha mantenido durante siglos. Yosano Akiko, primer traductor a una lengua moderna expresó sus dudas acerca de la autoría a partir del capítulo 33 y mantuvo la teoría –con muy poco fundamento- de que su hija, Daini no Sanmi, es la continuadora de la novela. La mayoría de las dudas se refieren a los llamados capítulos de transición (42 al 44) ya que contiene errores no presentes en el resto de capítulos. El último traductor, Royall Tyler, observa diferencias entre el capítulo 45 en adelante, pero lo achaca a la mayor madurez de la autora.

No se descarta que estos errores o variaciones provengan de la transcripción (no se conserva el manuscrito original) y, de todos modos, la mayoría de los estudiosos defienden la autoría completa por parte de Murasaki Shikibu ya que la genialidad de la autora es muy difícil que se repita en el mismo periodo.